Xanthomonas fuscans subsp. fuscans

X.fuscans proteins from ACUR model and shorter dans 70 aa

X.fuscans locus tagCommentProduct
XFF4834R_pla_0049Delete, no predicted ORF using FrameD37
XFF4834R_plb_0016RIEN A deleter14hypothetical protein
XFF4834R_chr_0004a deleter50
XFF4834R_chr_0016a deleter16
XFF4834R_chr_0029a deleter26
XFF4834R_chr_0090to delete, DNA region conserved in XAC, acur region, small protein64hypothetical protein
XFF4834R_chr_0097DNA region conserved in XAC but not protein annotated, small protein to delete49hypothetical protein
XFF4834R_chr_0115a deleter45
XFF4834R_chr_0116small protein , DNA region partially conserved in XAC and XCV but no protein annotated, to delete51hypothetical protein
XFF4834R_chr_0142To delete, Small protein in acur region no homologs detetected using BlastP but DNA region conserved with Xcv (BlastN and tblastN)63Hypothetical protein
XFF4834R_chr_0144a deleter39
XFF4834R_chr_020967Hypothetical
XFF4834R_chr_0256a deleter21
XFF4834R_chr_0353a deleter25
XFF4834R_chr_036151Hypothetical
XFF4834R_chr_0368a deleter29
XFF4834R_chr_038555Hypothetical
XFF4834R_chr_0414a deleter59
XFF4834R_chr_0420a deleter40
XFF4834R_chr_0466a deleter31
XFF4834R_chr_0583a deleter21
XFF4834R_chr_0639signal peptide proba nulle, homologie tres partielle avec hypoth protein de Xcv, predite avec ACUR - a deleter54
XFF4834R_chr_0673a deleter31
XFF4834R_chr_0682a deleter66
XFF4834R_chr_0991Blast avec hypothetical prot de P. aeruginosa en allongeant la sequence. Un signal peptide detecte. mauvais Frame D.38hypothetical protein
XFF4834R_chr_1048a deleter21
XFF4834R_chr_1076a deleter30
XFF4834R_chr_1098a deleter29
XFF4834R_chr_1111a deleter36
XFF4834R_chr_1144a deleter44
XFF4834R_chr_1175a deleter22
XFF4834R_chr_1198detecte uniquement par acur, rien via frameD, seulement 58aa, aucune similarite dans les banques de donnees (Blast). Est-ce vraiment un gene?58
XFF4834R_chr_1200detecte par acur, seulement 64 aa, aucune similarite dans les banques de donnees (Blast), est-ce vraiment un gene?64
XFF4834R_chr_1209Blast: similarite faible avec phage-related integrase de Xyllela47putative phage-related integrase
XFF4834R_chr_1219a deleter16
XFF4834R_chr_1255a deleter55
XFF4834R_chr_1271delete. 64hypothetical protein
XFF4834R_chr_1313this CDS is not similar to anything even in xanthos. I can't find it on FrameD: frameD does not display anything between 139828 and 1390947. DELETE?39hypothetical protein
XFF4834R_chr_1339a deleter aucune homologie, non secrete, acur et difficulte a trouver la prediction framed35hypothetical protein
XFF4834R_chr_1356a deleter? mauvaises homologies partielles, acur low gc increased sensitivity pas secrete26hypothetical protein
XFF4834R_chr_1369does not match anything...Delete?55hypothetical protein
XFF4834R_chr_1370does not match any similarity with anything... Delete?62hypothetical protein
XFF4834R_chr_1376a deleter pas d'homologie, acur pas de prediction framed, pas secrete36hypothetical protein
XFF4834R_chr_1402this protein does not seem to match anything.... Delete?64hypothetical protein
XFF4834R_chr_1403a deleter mauvaises homologies partielles, pas secrete, acur21hypothetical protein
XFF4834R_chr_1405a deleter aucune homologie acur pas secrete44hypothetical protein
XFF4834R_chr_1422does not seem to match anything.... delete?50hypothetical protein
XFF4834R_chr_1427doesnt seem to match anything... Delete?62hypothetical protein
XFF4834R_chr_1431doesnt seem to match anthing... delete?38hypothetical protein
XFF4834R_chr_1450does not seem to match anything.... Delete?26hypothetical protein
XFF4834R_chr_146513putative transposase
XFF4834R_chr_1467Avec ACUR et diminution de rigueur des parametres frameshift ne donne pas orf de cette taille. Mais codon usage montre bien 1 start et 1 stop entre 1 564 008 et 1 564 208 sur le brin -2. Pas de hit bastx ni interpro 66Hypothetical protein
XFF4834R_chr_147259Putative transcriptional regulator
XFF4834R_chr13650tBlastx de NCBI : I=84% ; S =100 ; E=6 10 -20 et 98% coverage pour hypothetical protein de Halella chejuensis et 0 hit interpro56Hypoyhetical protein
XFF4834R_chr_1506chr1506 et fin chr 1505 (de 554 a 578) ont I=80% MAIS I=96% et PCS=PCQ=100% pour chr1505 =pilB de Xcv3352 donc pseudogene ? ; 3 hits orthologues avec I=76% PCQ=74% mais PCS=4% seulement ; 1 hit PubMed I=71% PCS=79% et PCQ=100% pour pilus biogenesis prot de XAC donc hypothetical pilus biogenesis prot 34hypothetical pilus biogenesis protein
XFF4834R_chr_1535pas de hit ; 1 hit blastx NCBI pour 1 aminotransferase classe V avec I=45% et coverage =91% MAIS PCS = 10% seulement (orf chr 1535 = 134 nt alors que l'aminitransferase = 1311 nt) donc hypothetical prot 44Hypothetical protein
XFF4834R_chr_1559a deleter, mauvaises homologies partielles acur pas secrete28hypothetical protein
XFF4834R_chr_1640a deleter mauvaises homologies partielles acur increased sensitivity low gc23hypothetical protein
XFF4834R_chr_1671a deleter, acur increased sensitivity, aucune homologie dans blastp40hypothetical protein
XFF4834R_chr15630orf non retrouve avec framD (meme ACUR et diminution des parametres) ; mauvais usage du code MAIS 1 start et 1 stop OK et 2 hits blastx ncbi pour hypothetical protein chez X camp donc ne pas deleter 54hypothetical protein
XFF4834R_chr16300frame D ne retrouve aucun ORF entre 1885003 et 1885152 quelque soit les parametres ; usage du code moyen MAIS 1 blastx ncbi pour 1 hypoth protein chez X camp de 52aa avec I=87% et coverage = 98% 49hypothetical protein
XFF4834R_chr_1747a deleter pas d'homologie acur47hypothetical protein
XFF4834R_chr_1769pas hit blastx ncbi ni hit interpro34
XFF4834R_chr_17711 mauvais hit tres partiel avec Xantho oryzae ; a deleter ? 23
XFF4834R_chr_1792a deleter33hypothetical protein
XFF4834R_chr16840Hits blastx ncbi pour hypothetical protein 68conserved hypothetical protein
XFF4834R_chr_180832hypothetical protein
XFF4834R_chr_180926hypothetical protein
XFF4834R_chr_1821differents hits blastx ncbi avec I partielle et E superieur a 1; pas dom interpro 54
XFF4834R_chr_1862a deleter35hypothetical protein
XFF4834R_chr_1874probleme frameD = aucune matrice, aucunes conditions ne donnent cet orf ; mauvais usage du code ; Pas hit interproscan ; non secretee ; pas hit blastx ncbi avec paramertres par defaut DONC A DELETER (?)30
XFF4834R_chr_1901blastx ncbi pour hypothetical protein avec I=52% et coverage 97% mais E=0.076 et surtt pour 1 hypothetical protein de 114 aa donc similarites partielles 40hypothetical protein
XFF4834R_chr_1929a deleter12hypothetical protein
XFF4834R_chr_1949a deleter53hypothetical protein
XFF4834R_chr_1977a deleter37hypothetical protein
XFF4834R_chr_2015A DELETER ? mauvais usage du code ; pas orf avec frameD ; 4 hits blastx avec I et coverages moyens mais E fort et pour grandes proteins chez organismes genetiquement eloignes.68
XFF4834R_chr_2032a deleter42hypothetical protein
XFF4834R_chr_2043a deleter32hypothetical protein
XFF4834R_chr_2074a deleter26hypothetical protein
XFF4834R_chr19640bons hits blastx ncbi pour conserved hypothetical protein chez X camp.48Conserved hypothetical protein
XFF4834R_chr_2102a deleter26hypothetical protein
XFF4834R_chr_2179a deleter57
XFF4834R_chr_2205a deleter30hypothetical protein
XFF4834R_chr2102055
XFF4834R_chr_231049
XFF4834R_chr_2318a deleter30hypothetical protein
XFF4834R_chr21790signal 3p 0.997 3yes/556secreted conserved hypothetical protein
XFF4834R_chr_2354a deleter36
XFF4834R_chr_2366a deleter36hypothetical protein
XFF4834R_chr_2395a deleter61
XFF4834R_chr_2404a deleter66
XFF4834R_chr_2491a deleter38hypothetical protein
XFF4834R_chr23580similarite partielle avec Xcc sur ncbi50hypothetical protein
XFF4834R_chr23680acur et increased sensitivity start et stop present mauvaises homologies partielles sauf avec 2517 d'ou conservation53hypothetical protein
XFF4834R_chr_2519acure acun blast pas secrete42hypothetical protein
XFF4834R_chr_252831putative transposase
XFF4834R_chr_257231hypothetical protein
XFF4834R_chr24740homologie partielle avec Xoryzp_0965045hypothetical protein
XFF4834R_chr_2627a deleter38hypothetical protein
XFF4834R_chr_2654a deleter acur + increased sens +low gC, aucune homolgie blastp, pas de domaine, pas secrete30hypothetical protein
XFF4834R_chr_2669usage du code assez mauvais mais start et stop presents. avec blastx ds NCBI on trouve 74% d'homologie sur 80% total codant pour 1 gene de xanthomonadin biosynthesis related, mais en verifiant en faisant blastp 2 a 2 presque + rien65hypothetical protein
XFF4834R_chr_2734frame D mauvais , start et stop present mais mauvais usage du code a deleter?35hypotheical protein
XFF4834R_chr_280647hypothetical protein
XFF4834R_chr_2818a deleter48
XFF4834R_chr_2865pas de cadre de lecture, pas d'homlogie, pas secrete A deleter47hypothetical protein
XFF4834R_chr_2895a deleter51
XFF4834R_chr_2898matrice ACUR et low GC, aucune homologie62hypothetical protein
XFF4834R_chr_2918a deleter55
XFF4834R_chr_2926ACUR et low GC, autres starts possibles56hypothetical protein
XFF4834R_chr_2993a deleter25
XFF4834R_chr_3004pseudogene a deleter, fragment gene environ 300 aa qui existe chez xav59Hypothetical protein
XFF4834R_chr_3005matrice acur aucune homologie et petite taille, a deleter46hypothetical protein
XFF4834R_chr_3017a deleter20
XFF4834R_chr_3032a deleter ? detection matrice ACUR, aucune homologie et petite taille49hypothetical protein
XFF4834R_chr_3035pas retrouve meme en acur low gc and increased sensitivity, deleter cet orf 67
XFF4834R_chr_3084matrice ACUR, aucune homologie, petite taille, a deleter ?66hypothetical protein
XFF4834R_chr_3110a deleter29
XFF4834R_chr_3112a deleter33
XFF4834R_chr_3164pas retrouvee meme en ACUR, a deleter33Hypothetical protein
XFF4834R_chr3018065conserved hypothetical protein (partial)
XFF4834R_chr_3219a deleter43
XFF4834R_chr_3231a deleter61
XFF4834R_chr_3235a deleter65
XFF4834R_chr_3239a deleter pas de frame D meme en changeant les parametres63
XFF4834R_chr_3329A deleter ?? si non proteine conservee XAC, XCV, XCC proteine secretee : >Sequence length = 51 # Measure Position Value Cutoff signal peptide? max. C 17 0.664 0.52 YES max. Y 17 0.415 0.33 YES max. S 2 0.847 0.92 NO mean S 1-16 0.322 0.49 NO D 1-16 0.368 0.44 NO # Most likely cleavage site between pos. 16 and 17: LHA-EG51Hypothetical conserved protein
XFF4834R_chr_3330a deleter acur et increased sensitivity, aucune homologie, pas secrete stop ne correspond pas devraiet etre en 361738765hypothetical protein
XFF4834R_chr_3339A deleter ? Proteine non secretee >Sequence length = 56 # Measure Position Value Cutoff signal peptide? max. C 37 0.430 0.52 NO max. Y 37 0.286 0.33 NO max. S 3 0.918 0.92 NO mean S 1-36 0.425 0.49 NO D 1-36 0.356 0.44 NO56
XFF4834R_chr_3392A deleter ? proteine non secretee :# Measure Position Value Cutoff signal peptide? max. C 16 0.038 0.52 NO max. Y 16 0.085 0.33 NO max. S 10 0.611 0.92 NO mean S 1-15 0.266 0.49 NO D 1-15 0.175 0.44 NO34
XFF4834R_chr32780petite proteine, acur, aucune similarite proteique blastP, forte identite nucleique avec orthologue de Xantho, signal peptide potentiel (4/5 via signal3P)62hypothetical protein
XFF4834R_chr32920acur, petite proteine, aucune similarite proteique significative (blastP), forte identite nucleique avec des Xanthos (blastN)45hypothetical protein
XFF4834R_chr_3518a deleter ? proteine non secretee :# Measure Position Value Cutoff signal peptide? max. C 30 0.202 0.52 NO max. Y 14 0.138 0.33 NO max. S 3 0.891 0.92 NO mean S 1-13 0.519 0.49 YES D 1-13 0.328 0.44 NO # Most likely cleavage site between pos. 13 and 14: RVG-QE46
XFF4834R_chr_3553proteine secretee : >Sequence length = 46 # Measure Position Value Cutoff signal peptide? max. C 35 0.265 0.52 NO max. Y 35 0.347 0.33 YES max. S 1 0.791 0.92 NO mean S 1-34 0.412 0.49 NO D 1-34 0.380 0.44 NO # Most likely cleavage site between pos. 34 and 35: VHW-AH46Hypothetical protein
XFF4834R_chr_3564A deleter ? proteine non secretee : >Sequence length = 41 # Measure Position Value Cutoff signal peptide? max. C 26 0.870 0.52 YES max. Y 38 0.048 0.33 NO max. S 31 0.617 0.92 NO mean S 1-37 0.212 0.49 NO D 1-37 0.130 0.44 NO41
XFF4834R_chr_3574petit peptide de taille inf 30 aa aucune homologie supprimer probablement29hypothetical protein
XFF4834R_chr_3598difficile retrouver orf avec acur, blast x aucune homologie a deleter ?29
XFF4834R_chr_3600matrice acur, impossible retrouver orf; blastx ncbi pas grand chose, a deleter ?64
XFF4834R_chr_3616a deleter ?15
XFF4834R_chr_3629trouve en ACUR et low GC aucune homologie proteique a deleter ? a conserver ?50hypothetical protein
XFF4834R_chr_3697modif du stop, ne ressemble a rien, a deleter ?37hypothetical protein
XFF4834R_chr_3716ce doit etre un pseudogene car la sequenceN des orfs 3715 et 3716 correspond au gene utpF du cluster de biosynthese du LPS chez xcc avec preuve experimentale (utilisation de la phenylalanine et la tyrosine pendant la phase stationnaire) a deleter ?45hypothetical protein
XFF4834R_chr_3723pas retrouve avec matrice acur, pas de stop dans usage du code, a deleter ?39
XFF4834R_chr_3738orf pas retrouvee avec frame D et avec usage du code, aucune homologie, a deleter ?69
XFF4834R_chr_3741matrice acur et low GC, aucune homolgie, a deleter ?64hypothetical protein
XFF4834R_chr_3750a deleter ?? pas retrouve en acur24
XFF4834R_chr_378768hypothetical protein
XFF4834R_chr_3816modif start plus fort en amont65hypothetical protein
XFF4834R_chr_3822pas trouve meme en ACUR pourtant start et stop pas si mal, usage code pas tjs tres bon, faut il deleter ?68Hypothetical protein
XFF4834R_chr_3825ACUR et low GC, code pas tres bon, faut il deleter ?46Hypothetical protein
XFF4834R_chr_3845modif de orf predite car pas retrouvee, porposition autre orf en +2 avec matrice acur et low GC, faut il deleter ?55Hypothetical protein
XFF4834R_chr_3890acur et low GC, usage du code pas bon sur la premiere moitiee faut il deleter ?67Hypothetical protein
XFF4834R_chr_3981pas retrouve avec frame D meme avec ACUR, a deleter ?29Hypothetical protein
XFF4834R_chr_4023petit cds detection avec matrice ACUR et low GC, faut-il deleter ?65Hypothetical protein
XFF4834R_chr_4037trouve avec ACUR en low GC, tres petit peptide, faut-il deleter ?14Hypothetical protein
XFF4834R_chr_4056pas retrouve avec frameD, si verif usage du code on retrouve un start et un stop aux positions predites mais usage du code pas bon du tout, faut-il conserver ou deleter ? 52Hypothetical protein
XFF4834R_chr_4060petite proteine predite avec matrice acur et low GC, faut-il deleter ?40Hypothetical protein
XFF4834R_chr_4074ACUR, usage du code bon, cette proteine a un homologue chez xav mais il manque la fin, pres de la moitie de la sequence, pseudogene ? faut il deleter ?62Hypothetical protein
XFF4834R_chr_4075acur, petit peptide, faut-il deleter ?35hypothetical protein
XFF4834R_chr_4076predite en acur, low GC et sensibilite accrue, mauvais usage du code, petite proteine, faut-il deleter ?42Hypothetical protein
XFF4834R_chr_4096seul un fragment de la proteine presente une homologie chez Xac (manque la premiere moitie), gene tronque, pseudogene ? faut-il deleter ?57Hypothetical protein
XFF4834R_chr_4097matrice acur, usage du code pas bon, homologie faible et partielle avec une region de proteines regulatrices transcriptionnelles58Hypothetical protein
XFF4834R_chr_4104pas retrouve avec frame D quelque soit la matrice utilisee, par contre bon usage du code, petit peptide sans homolgie, faut il deleter ?34hypothetical protein
XFF4834R_chr_4130petit peptide predit avec matrice acur en augmentant la sensibilite, faut-il deleter ?33Hypothetical protein
XFF4834R_chr_4158a deleter 49 aa, pas de prediction frame D meme avec ACUR49hypothetical protein
XFF4834R_chr_4164a deleter peptide 42 aa mauvaise prediction FrameD, pas d'orthologue42hypothetical peptide
XFF4834R_chr_4309a deleter pas d'orthologue, mauvais usage du code60hypothetical protein
XFF4834R_chr_4326a deleter aucune homologie, acur, non secrete57hypothetical protein
XFF4834R_chr_4365a deleter aucune homologie, acur low gc increased sensitivity, non secrete31hypothetical protein
XFF4834R_chr_4415a deleter aucune homologie non secrete, acur et increade sensitivity et low gc66hypothetical protein
XFF4834R_chr_4422acur increased, mais tres peu d'homologie avec un gene chez oryzaede 391 aa, il y a des XX ds la sequence. A deleter?39hypothetical protein
XFF4834R_chr_4432acur increased and low pour obtenir frameD, start et stop present, pas de signal peptide, NCBI rien. A deleter23hypothetical protein
XFF4834R_chr42230changement de start prendre celui donne par acur increased +15 aa car secreted avec ce start et partiel similarity avec Xoo69hypothetical secreted protein
XFF4834R_chr_454445type IV secretion system protein VirB2 fragment
XFF4834R_chr_4566mauvais frame D, pas d homologie ds NCBI pas secrete start et stop present A deleter34hypothetical protein